Водородные связи в днк Водородные связи в днк

До сих пор было значительное расхождение теории и эксперимента относительно длины водородных связей в парах оснований Уотсона-Крика. Для исследования возможных источников этого расхождения, мы изучили многочисленные модельные системы для пар аденин-тимин (AT) и гуанин-цитозин (GC) на различных уровнях (например, BP86, PW91, и BLYP) функциональных нелокальной теории плотности (ДПФ).

Вычисленные длины водородных связей показывает расхождение с экспериментальными значениями.Происхождение этого несоответствия являетсякроется в пренебрежении простыми нуклеиновыми основаниями в качестве моделей для нуклеотидов: разногласия с экспериментом остаются независимо от того, будем ли мы использовать водород, метил, дезоксирибозу или 5′-дезоксирибозы монофосфата в качестве заместителей в N9 и N1 от пуриновых и пиримидиновых оснований, соответственно.

Даже геометрии BP86 / DZP от Уотсона-Крика типа димера deoxyadenylyl-3 ‘, 5′-дезоксиуридина в том числе один ион Na + (с 123 атомами нашей большой модели для натрия аденилил-3′, 5’-уридин гексагидрата, кристалле из которых были экспериментально изучены с использованием рентгеновской дифракции) по-прежнему показывает, что это расхождение с экспериментом. Рассматривая водородные связи в днк, отметим, что источник расхождения оказывается в молекулярной среде (вода, сахар гидроксильные группы, ПРОТИВОИОНОВ) пар оснований в исследованных кристаллах экспериментально.

Водородная связь, краткое определение